La AIC-España se organiza en nueve Delegaciones o Regiones que se corresponden con las nueve provincias canónicas de las Hijas de la Caridad. Al frente de cada una de las diócesis comprendidas en cada Región, se halla una Delegada Diocesana. Esta asistida por un aesor o consiliario diocesano.

Al Frente de cada Delegación o Región se halla una Delegada Regional, elegida conforme a los Estatutos, por las presidentas de los Grupos o Caridades de la propia Región. La Delegada Regional está acompañada por un Asesor Regional, un Padre Paúl nombrado por el Visitador correspondiente, y un Asesora Regional, una Hija de la Caridad nombrada por la Visitadora correspondiente.

Coordinando toda a Asociación se halla una Junta Directiva Nacional, integrada por la Presidenta Nacional, la Tesorera Nacional, la Secretaria Nacinal y las Vocales, todas ellas elegidas en la Asamblea Nacional Estatutaria. Pertenecen también a la Junta Dirctiva Nacional las Delegadas Regionales, elegidas en su respectiva Región.

También la Junta Dirrectiva Nacional cuenta con un Director Nacional. un Padre Paúl nombrado por la Conferencia de Visitadores de España.